Cel kształcenia i wykaz literatury

Główny cel kształcenia: Uzyskanie wiedzy i umiejętności w zakresie podstawowych metod i narzędzi bioinformatycznych

Ogólne informacje o zajęciach: Moduł jest realizowany w czwartym semestrze. Obejmuje 15 godzin wykładu i 15 godzin laboratorium. Kończy się zaliczeniem

Materiały dydaktyczne: B. Dębska, G. Fic, Bioinformatyka materiały na portalu e-chemia.pl

Wykaz literatury, wymaganej do zaliczenia zajęć

Literatura wykorzystywana podczas zajęć wykładowych

1

B. Dębska, G. Fic

Konspekty do wykładów opublikowane na stronie Zakładu Informatyki Chemicznej

http://www.prz.rzeszow.pl/chemia/zich/index.php/do-pobrania.

2019

Literatura wykorzystywana podczas zajęć ćwiczeniowych/laboratoryjnych/innych

1

B. Dębska, G.Fic

Instrukcje do ćwiczeń opublikowane na stronie Zakładu Informatyki Chemicznej

http://www.prz.rzeszow.pl/chemia/zich/index.php/do-pobrania.

2019

Literatura do samodzielnego studiowania

1	A. D. Baxevanis, B. F. F. Ouellette	Bioinformatyka . Podręcznik do analizy genów i białek	PWN, Warszawa .	2004
2	P. G. Higgs, T. K. Attwood	Bioinformatyka i ewolucja molekularna	PWN Warszawa.	2008
3	J.Xiong	Podstawy bioinformatyki	Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego.	2009

Wymagania wstępne w kategorii wiedzy/umiejętności/kompetencji społecznych

Wymagania formalne: rejestracja na dany semestr

Wymagania wstępne w kategorii Wiedzy: znajomość podstaw chemii organicznej i biochemii

Wymagania wstępne w kategorii Umiejętności: biegła obsługa komputera i znajomość systemu operacyjnego Windows

Wymagania wstępne w kategorii Kompetencji społecznych: umiejętność pracy indywidualnej i w zespołach 2-3 osobowych

Efekty kształcenia dla zajęć

MEK	Student, który zaliczył zajęcia	Formy zajęć/metody dydaktyczne prowadzące do osiągnięcia danego efektu kształcenia	Metody weryfikacji każdego z wymienionych efektów kształcenia	Związki z KEK	Związki z PRK
01	Zna podstawowe bazy bioinformatyczne i potrafi wyszukiwać i pozyskiwać z nich informacje	wykład, laboratorium	zaliczenie cz pisemna, kolokwium, obserwacja wykonawstwa	K_W02+ K_U04+	P6S_UW P6S_WG
02	Zna metody komputerowej reprezentacji 3D struktur chemicznych i biomakrocząsteczek oraz podstawowe elementy 3D struktur białek. Potrafi wizualizować modele 3D struktur białek	wykład, laboratorium, laboratorium problemowe	zaliczenie cz pisemna, kolokwium, obserwacja wykonawstwa, sprawozdanie z projektu	K_W09+ K_U14+ K_K02+	P6S_KO P6S_KR P6S_UO P6S_WG
03	Potrafi zastosować podstawowe metody sztucznej inteligencji do rozwiązywania problemów z zakresu biologii molekularnej i biotechnologii	wykład, laboratorium	zaliczenie cz. pisemna, kolokwium, obserwacja wykonawstwa, raport pisemny	K_W02+ K_U04+	P6S_UW P6S_WG
04	Potrafi wykorzystać kursy e-learningowe w procesie samokształcenia	wykład, laboratorium	obserwacja wykonawstwa	K_K01++	P6S_KK

Uwaga: W zależności od sytuacji epidemicznej, jeżeli nie będzie możliwości weryfikacji osiągniętych efektów uczenia się określonych w programie studiów w sposób stacjonarny w szczególności zaliczenia i egzaminy kończące określone zajęcia będą mogły się odbywać przy użyciu środków komunikacji elektronicznej (w sposób zdalny).

Treści kształcenia dla zajęć

Sem.	TK	Treści kształcenia	Realizowane na	MEK
4	TK01	Wprowadzenie do bioinformatyki. Podstawowe pojęcia. Zdalne nauczanie w biotechnologii.	W01	MEK04
4	TK02	Metody data mining w bioinformatyce	W02	MEK03
4	TK03	Dopasowywanie sekwencji.	W03	MEK01 MEK03
4	TK04	Bioinformatyka strukturalna. Komputerowa reprezentacja i wizualizacja 3D struktur biomakrocząsteczek.	W04-W05	MEK02
4	TK05	Bazy bioinformatyczne (pierwotne, wtórne, specjalistyczne). Komputerowa reprezentacja informacji strukturalnej i sekwencyjnej	W06-W07	MEK01
4	TK06	Zastosowanie metod PCA i analizy skupień w bioinformatyce	L02	MEK03
4	TK07	Zintegrowany system wyszukiwania sekwencji	L03	MEK01 MEK03
4	TK08	Wizualizacja i analiza 3D struktur białek z bazy PDB	L04-L05	MEK02
4	TK09	Bazy bioinformatyczne. Wyszukiwanie i pobieranie informacji	L01	MEK01

Nakład pracy studenta

Forma zajęć	Praca przed zajęciami	Udział w zajęciach	Praca po zajęciach
Wykład (sem. 4)		Godziny kontaktowe: 15.00 godz./sem.	Uzupełnienie/studiowanie notatek: 5.00 godz./sem. Studiowanie zalecanej literatury: 5.00 godz./sem.
Laboratorium (sem. 4)	Przygotowanie do laboratorium: 3.00 godz./sem. Przygotowanie do kolokwium: 5.00 godz./sem.	Godziny kontaktowe: 15.00 godz./sem.	Dokończenia/wykonanie sprawozdania: 5.00 godz./sem.
Konsultacje (sem. 4)
Zaliczenie (sem. 4)	Przygotowanie do zaliczenia: 5.00 godz./sem.	Zaliczenie pisemne: 1.00 godz./sem.

Sposób wystawiania ocen składowych zajęć i oceny końcowej

Forma zajęć	Sposób wystawiania oceny podsumowującej
Wykład	Wykład: zaliczenie przedmiotu na podstawie oceny z pisemnego kolokwium zaliczeniowego. Skala ocen: 2.0 dla mniej niż 50% pkt, 3.0 dla 50-60% pkt, 3.5 dla 60-70% pkt, 4.0 dla 70-80%, 4.5 dla 80-90% pkt, 5.0 dla ponad 90% pkt
Laboratorium	Laboratorium komputerowe: ocena zaliczenia jest średnią arytmetyczną z ocen: kolokwiów, wykonanych zadań oraz sprawozdań.
Ocena końcowa	Ocena końcowa (K): K = 0,5wL + 0,5wW; gdzie: L, W oznacza odpowiednio pozytywną ocenę z laboratorium i zaliczenia wykładu, w - współczynnik uwzględniający termin zaliczenia, w = 1,0 pierwszy termin, w = 0,9 drugi termin, w = 0,8 trzeci termin.

Przykładowe zadania

Wymagane podczas egzaminu/zaliczenia
(-)

Realizowane podczas zajęć ćwiczeniowych/laboratoryjnych/projektowych
(-)

Inne
(-)

Czy podczas egzaminu/zaliczenia student ma możliwość korzystania z materiałów pomocniczych : nie

Treści zajęć powiazane są z prowadzonymi badaniami naukowymi: tak

1

J. Buczkowicz; T. Drzazga; G. Fic; M. Jaromin; P. Krajewski; P. Matysik; R. Mazur; P. Milczarski; T. Sikora; M. Szeliga; D. Tyrka; M. Tyrka; E. Witkowski

Selekcja genomowa pszenicy ozimej

2021