Cel kształcenia i wykaz literatury

Główny cel kształcenia: Zapoznanie studentów z podstawową wiedzą w temacie analizy materiału biologicznego. Podstawowe pojęcia. Klasyczne i nowoczesne techniki izolacji, oczyszczania i charakterystyki biomolekuł. Dobór i adaptacje metod analitycznych w zależności od rodzaju biomolekuł i ich właściwości. Wstęp do proteomiki . Nowoczesne techniki badania białek i ich modyfikacji potranslacyjnych oraz ich interakcji z inymi białkami i molekułami (NMR, MS-HPLC). Podział metod analitycznych na dedykowane do analizy metabolitów niskocząsteczkowych i mekromolekuł

Ogólne informacje o zajęciach: Moduł realizowany jest w semestrze 5. Obejmuje 15 godzin wykładowych oraz 30 godzin laboratoryjnych kończąc się kolokwium pisemnym.

Materiały dydaktyczne: tr.v.prz.edu.pl

Wykaz literatury, wymaganej do zaliczenia zajęć

Literatura do samodzielnego studiowania

1	Robert M. Silverstein, Francis X. Webster, David J. Kiemle	Spektroskopowe metody identyfikacji związków organicznych	Wydawnictwo Naukowe PWN.	2012
2	W. Zielinski, A. Rajca	Metody spektroskopowe i ich zastosowanie do identyfikacji zwiazków organicznych	Wydawnictwo Naukowo Techniczne.	1995
3	M. Szafran, Z. Dega-Szafran	Okreslanie struktury zwiazków organicznych metodami spektroskopowymi	Wydawnictwo Naukowe PWN.	1988
4	L.A. Kazicyna, N.B. Kupletska	Metody spektroskopowe wyznaczania struktury zwiazków organicznych	Wydawnictwo Naukowe PWN.	1974
5	Walczyna, J. Sokołowski, G. Kupryszewski	Analiza zwiazków organicznych	Wydawnictwo Uniwersytetu Gdańskiego.	1996
6	L. Kłyszejko-Stefanowicz	Ćwiczenia z biochemii	Wydawnictwo Naukowe PWN.	2005
7	A. Berthillier	Chromatografia i jej zastosowanie	Wydawnictwo Naukowe PWN.	1975
8	A. Kraj, J. Silberring	Proteomika	Wydział Chemii UJ.	2004
9	A. Dubin	Wprowadzenie do chemii białek	Wydział Biotechnologii UJ.	2003
10	Walkowiak B. Techniki chromatografii cieczowej. Przykłady zastosowań.	Techniki chromatografii cieczowej. Przykłady zastosowań	Amersham Pharmacia Biotech. MORPOL.	2000
11	Kozik A., Rąpała-Kozik M., Guevara-Lora I	Analiza instrumentalna w biochemii. Wybrane problemy i metody instrumentalnej biochemii analitycznej	Instytutu Biologii Molekularnej UJ.	2001
12	A. Kraj, A. Drabik, J.Silberring	Proteomika i metabolomika	Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego.	2010

Wymagania wstępne w kategorii wiedzy/umiejętności/kompetencji społecznych

Wymagania formalne: rejestracja na semestr

Wymagania wstępne w kategorii Wiedzy: -

Wymagania wstępne w kategorii Umiejętności: Wyszukiwanie informacji naukowych w internecie i literaturze.

Wymagania wstępne w kategorii Kompetencji społecznych: efektywna współpraca z osobami z grupy

Efekty kształcenia dla zajęć

MEK	Student, który zaliczył zajęcia	Formy zajęć/metody dydaktyczne prowadzące do osiągnięcia danego efektu kształcenia	Metody weryfikacji każdego z wymienionych efektów kształcenia	Związki z KEK	Związki z PRK
01	zna podstawy fizyczne metod takich jak NMR, FTIR, MS	wykład	egzamin cz. pisemna	K_W02+ K_W04+ K_W12+ K_U03+ K_U07+++	P7S_UU P7S_UW P7S_WG P7S_WK
02	potrafi pracować z materialem zawierajacym biocząsteczki. Potrafi wykonywać analizy i interpretować wyniki	wykład	kolokwium	K_U01+ K_U03+ K_U06+ K_U09+++ K_K01+ K_K02+ K_K03+	P7S_KO P7S_UW

Uwaga: W zależności od sytuacji epidemicznej, jeżeli nie będzie możliwości weryfikacji osiągniętych efektów uczenia się określonych w programie studiów w sposób stacjonarny w szczególności zaliczenia i egzaminy kończące określone zajęcia będą mogły się odbywać przy użyciu środków komunikacji elektronicznej (w sposób zdalny).

Treści kształcenia dla zajęć

Sem.	TK	Treści kształcenia	Realizowane na	MEK
2	TK01	podstawy metody spektrometryczne i spektroskopowe, metody fluorescencyjne, elektroforeza, rentgenografia strukturalna	W01-W05	MEK01 MEK02
2	TK02	metody rozdzielcze	W6-7	MEK02
2	TK03	metody badania płynów fizjologicznych, metody identyfikacji mikroorganizmów	W8-9	MEK02
2	TK04	metody immunochemiczne	W10-11	MEK02
2	TK05	metody mikroskopowe, biozgodność	W12-13	MEK02
2	TK06	wykorzystanie hodowli komórkowych w diagnostyce, Wysokowydajne badania przesiewowe (high-throughput screening (HTS)).	W14-15	MEK02
2	TK07	Identyfikacja mikroorganizmów metodą MS	L1-6	MEK02
2	TK08	Analiza jakościowa i ilościowa składników płynów fizjologicznych metodą HPLC-ESI-MS	L7-12	MEK02
2	TK09	Mikroskopia świetlna (w tym fluorescencyjna) jako narzędzie w diagnostyce medycznej	L13-18	MEK02
2	TK10	Analiza insuliny ludzkiej metodą elektroforezy	L19-24	MEK02
2	TK11	Identyfikacja izoenzymów dehydrogenazy mleczanowej	L25-30	MEK02

Nakład pracy studenta

Forma zajęć	Praca przed zajęciami	Udział w zajęciach	Praca po zajęciach
Wykład (sem. 2)	Przygotowanie do kolokwium: 12.00 godz./sem.	Godziny kontaktowe: 15.00 godz./sem.	Uzupełnienie/studiowanie notatek: 2.00 godz./sem. Studiowanie zalecanej literatury: 5.00 godz./sem.
Laboratorium (sem. 2)	Przygotowanie do laboratorium: 6.00 godz./sem. Przygotowanie do kolokwium: 6.00 godz./sem.	Godziny kontaktowe: 30.00 godz./sem.	Dokończenia/wykonanie sprawozdania: 5.00 godz./sem.
Konsultacje (sem. 2)	Przygotowanie do konsultacji: 5.00 godz./sem.	Udział w konsultacjach: 5.00 godz./sem.
Egzamin (sem. 2)	Przygotowanie do egzaminu: 10.00 godz./sem.

Sposób wystawiania ocen składowych zajęć i oceny końcowej

Forma zajęć	Sposób wystawiania oceny podsumowującej
Wykład	egzamin
Laboratorium	kolokwium
Ocena końcowa	ocena koncowa K = w(0,5 x W+ 0,5 x L) W - ocena z zaliczenia pisemnego z materiału wykładowego L - średnia z ocen z kolokwiów cząstkowych w - wsp. terminu - 1 dla 1-terminu, 0,9 dla 2-terminu, 0,8 dla 3-terminu Ocena pozytywna - min 50% ilości maksymalnej punktów; kolejne 10% - wzrost oceny o 0,5 stopnia do 5.0

Przykładowe zadania

Wymagane podczas egzaminu/zaliczenia
(-)

Realizowane podczas zajęć ćwiczeniowych/laboratoryjnych/projektowych
(-)

Inne
(-)

Czy podczas egzaminu/zaliczenia student ma możliwość korzystania z materiałów pomocniczych : nie

Treści zajęć powiazane są z prowadzonymi badaniami naukowymi: tak

1	A. Kołodziej; Z. Krupa; J. Nizioł; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Untargeted metabolomics of bladder tissue using liquid chromatography and quadrupole time-of-flight mass spectrometry for cancer biomarker detection	2024
2	B. Guratowska; A. Kuźniar; J. Nizioł; A. Nowak; M. Okrasa; T. Ruman; M. Ryngajłło; J. Szulc	Uncontrolled Post-Industrial Landfill—Source of Metals, Potential Toxic Compounds, Dust, and Pathogens in Environment—A Case Study	2024
3	V. Copie; A. Kołodziej; Z. Krupa; J. Nizioł; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; A. Płaza-Altamer; T. Ruman; B. Tripet	Metabolomic profiling of human bladder tissue extracts	2024
4	Z. Krupa; M. Misiorek; J. Nizioł; T. Ruman	Infrared Laser-Based Selected Reaction Monitoring Mass Spectrometry Imaging of Banana (Musa spp.) Tissue—New Method for Detection and Spatial Localization of Metabolites in Food	2024
5	A. Arendowski; A. Kołodziej; J. Nizioł; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Monoisotopic silver nanoparticles-based mass spectrometry imaging of human bladder cancer tissue: Biomarker discovery	2023
6	A. Kołodziej; A. Nieczaj; J. Nizioł; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Untargeted urinary metabolomics for bladder cancer biomarker screening with ultrahigh-resolution mass spectrometry	2023
7	A. Kołodziej; Z. Krupa; J. Nizioł; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Infrared pulsed fiber laser-produced gold and silver-109 nanoparticles for laser desorption/ionization mass spectrometry of steroid hormones	2023
8	M. Dudek; B. Gutarowska; M. Komar; J. Nizioł; P. Nowicka-Krawczyk; T. Ruman	Biodeterioration potential of algae on building materials - Model study	2023
9	S. Kuberski; A. Kuźniar; J. Nizioł; A. Nowak; I. Nowak; M. Okrasa; T. Ruman; B. Szponar; J. Szulc	Biological and chemical contamination of illegal, uncontrolled refuse storage areas in Poland	2023
10	V. Copie; A. Kołodziej; A. Nieczaj; J. Nizioł; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; A. Płaza-Altamer; T. Ruman; B. Tripet	Targeted and untargeted urinary metabolic profiling of bladder cancer	2023
11	A. Kołodziej; J. Nizioł; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Untargeted ultra-high-resolution mass spectrometry metabolomic profiling of blood serum in bladder cancer	2022
12	A. Kołodziej; J. Nizioł; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Infrared pulsed fiber laser-produced silver-109 nanoparticles for laser desorption/ionization mass spectrometry of 3-hydroxycarboxylic acids	2022
13	A. Kołodziej; J. Nizioł; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Infrared pulsed fiber laser-produced silver-109-nanoparticles for laser desorption/ionization mass spectrometry of amino acids	2022
14	A. Kołodziej; J. Nizioł; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Infrared pulsed fiber laser-produced silver-109-nanoparticles for laser desorption/ionization mass spectrometry of carboxylic acids	2022
15	A. Kołodziej; J. Nizioł; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Laser Ablation Synthesis in Solution and Nebulization of Silver-109 Nanoparticles for Mass Spectrometry and Mass Spectrometry Imaging	2022
16	A. Kołodziej; J. Nizioł; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Laser generated gold nanoparticles for mass spectrometry of low molecular weight compounds	2022
17	A. Kołodziej; J. Nizioł; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Obrazowanie tkanek za pomocą spektrometrii mas z laserową desorpcją/jonizacją	2022
18	B. Gutarowska; M. Komar; P. Konca; J. Nizioł; P. Nowicka-Krawczyk; T. Ruman	Metabolomic analysis of photosynthetic biofilms on building façades in temperate climate zones	2022
19	B. Gutarowska; T. Ruman; J. Szulc	Metagenomika i metabolomika – nowoczesne metody systemowe w identyfikacji mikroorganizmów oraz metabolitów odpowiedzialnych za niszczenie obiektów zabytkowych	2022
20	S. Kuberski; J. Nizioł; A. Nowak; M. Okrasa; T. Ruman; J. Szulc	Assessment of Physicochemical, Microbiological and Toxicological Hazards at an Illegal Landfill in Central Poland	2022
21	V. Copie; A. Kołodziej; J. Nizioł; K. Nogueira; L. Nogueira; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; A. Płaza-Altamer; T. Ruman; B. Tripet	Metabolomic and elemental profiling of blood serum in bladder cancer	2022
22	A. Arendowski; J. Nizioł; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; T. Ruman	Serum and urine analysis with gold nanoparticle-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry for renal cell carcinoma metabolic biomarkers discovery	2021
23	A. Arendowski; V. Copie; J. Nizioł; K. Nogueira; L. Nogueira; K. Ossoliński; T. Ruman; B. Tripet	Metabolomic and elemental profiling of human tissue in kidney cancer	2021
24	A. Arendowski; V. Copie; J. Nizioł; K. Ossoliński; T. Ruman; B. Tripet	Nuclear magnetic resonance and surface-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry-based metabolome profiling of urine samples from kidney cancer patients	2021
25	A. Kołodziej; T. Ruman; J. Szulc	Silver-109/Silver/Gold Nanoparticle-Enhanced Target Surface-Assisted Laser Desorption/Ionisation Mass Spectrometry—The New Methods for an Assessment of Mycotoxin Concentration on Building Materials	2021
26	B. Gutarowska; K. Majchrzycka; J. Nizioł; A. Nowak; M. Okrasa; T. Ruman; M. Sulyok; B. Szponar; J. Szulc	Microbiological and Toxicological Hazards in Sewage Treatment Plant Bioaerosol and Dust	2021
27	I. Beech; A. Drążkowska; B. Guratowska; J. Karbowska-Berent; T. Ruman; J. Sunner; J. Szulc	Metabolomics and metagenomics analysis of 18th century archaeological silk	2021
28	M. Misiorek; J. Nizioł; T. Ruman	Zastosowanie spektometrii mas do obrazowania rozmieszczenia flawonoidów w owocu truskawki	2021
29	A. Arendowski; J. Nizioł; K. Ossoliński; T. Ruman	Gold nanostructures - assisted laser desorption/ionization mass spectrometry for kidney cancer blood serum biomarker screening	2020
30	A. Arendowski; J. Nizioł; K. Ossoliński; T. Ruman	Screening of Urinary Renal Cancer Metabolic Biomarkers with Gold Nanoparticles-assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry	2020
31	A. Arendowski; V. Copie; J. Nizioł; K. Ossoliński; T. Ruman; B. Tripet	Nuclear magnetic resonance and surface-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry-based serum metabolomics of kidney cancer	2020
32	A. Kołodziej; J. Nizioł; T. Ruman	Gold and silver nanoparticles-based laser desorption/ionization mass spectrometry method for detection and quantification of carboxylic acids	2020
33	B. Guratowska; J. Karbowska-Berent; T. Kozielec; T. Ruman; J. Szulc	Analyses of microorganisms and metabolites diversity on historic photographs using innovative methods	2020
34	B. Gutarowska; A. Jachowicz; S. Kowalska; W. Machnowski; T. Ruman; A. Steglinska; J. Szulc	Beeswax-Modified Textiles: Method of Preparation and Assessment of Antimicrobial Properties	2020
35	B. Gutarowska; I. Jablonskaja; E. Jabłońska; J. Karbowska-Berent; T. Ruman; J. Szulc	Metabolomics and metagenomics characteristic of historic beeswax seals	2020
36	I. Beech; J. Nizioł; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; A. Płaza; T. Ruman; J. Sunner	Localization of Metabolites of Human Kidney Tissue with Infrared Laser-Based Selected Reaction Monitoring Mass Spectrometry Imaging and Silver-109 Nanoparticle-Based Surface Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging	2020
37	T. Ruman; J. Szulc	Laser Ablation Remote-Electrospray Ionisation Mass Spectrometry (LARESI MSI) Imaging—New Method for Detection and Spatial Localization of Metabolites and Mycotoxins Produced by Moulds	2020
38	A. Arendowski; J. Kucharz; J. Nizioł; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; T. Ruman; P. Wiechno	Mass spectrometry-based metabolomic profiling of prostate cancer-a pilot study	2019
39	J. Cebulski; M. Kus-Liśkiewicz; T. Ruman; M. Stompor; D. Szmuc; K. Szmuc; Ł. Szyller; S. Wołowiec; I. Zawlik	Silver nanoparticles deposited on calcium hydrogenphosphate - silver phosphate matrix; biological activity of the composite	2019
40	M. Misiorek; J. Nizioł; T. Ruman	Mass spectrometry imaging of low molecular weight metabolites in strawberry fruit (Fragaria x ananassa Duch.) cv. Primoris with 109Ag nanoparticle enhanced target	2019