Cel kształcenia i wykaz literatury

Główny cel kształcenia: Zapoznanie studentów z metodą RNAseq i jej możliwościami w badaniu zmian ekspresji genów na poziomie transkryptomu

Ogólne informacje o zajęciach: Moduł realizowany jest w formie laboratoriów 5 godzinnych

Materiały dydaktyczne: Instrukcja laboratoryjna

Wykaz literatury, wymaganej do zaliczenia zajęć

Wymagania wstępne w kategorii wiedzy/umiejętności/kompetencji społecznych

Wymagania formalne: Rejestracja na semestr, zakwalifikowanie się do projektu

Wymagania wstępne w kategorii Wiedzy: Znajomość budowy DNA i metody PCR

Wymagania wstępne w kategorii Umiejętności: Umiejętność obsługi pipet automatycznych i bazy NCBI

Wymagania wstępne w kategorii Kompetencji społecznych: Umiejętność pracy indywidualnej i zespołowej

Efekty kształcenia dla zajęć

MEK	Student, który zaliczył zajęcia	Formy zajęć/metody dydaktyczne prowadzące do osiągnięcia danego efektu kształcenia	Metody weryfikacji każdego z wymienionych efektów kształcenia	Związki z KEK	Związki z OEK
01	potrafi zaplanować doświadczenie, którego celem jest zbadanie zmian poziomu ekspresji transkryptomu	ćwiczenia problemowe	raport pisemny	K_W02+++ K_U02+++	T2A_W02+++ T2A_U01+++ T2A_U02+++ T2A_U03+++ T2A_U04+++
02	potrafi wykonać doświadczenie, którego celem jest zbadanie zmian ekspresji genów i przeanalizować uzyskane wyniki	laboratorium	raport pisemny	K_W01+ K_W02++ K_U02+++ K_K01+++	T2A_W02++ T2A_U01+++ T2A_U02+++ T2A_U03+++ T2A_U04+++ T2A_K01+++ T2A_K02+++

Uwaga: W zależności od sytuacji epidemicznej, jeżeli nie będzie możliwości weryfikacji osiągniętych efektów uczenia się określonych w programie studiów w sposób stacjonarny w szczególności zaliczenia i egzaminy kończące określone zajęcia będą mogły się odbywać przy użyciu środków komunikacji elektronicznej (w sposób zdalny).

Treści kształcenia dla zajęć

Sem.	TK	Treści kształcenia	Realizowane na	MEK
10	TK01	Zna zasadę działania metody RNAseq oraz możliwości jej zastosowania do rozwiązywania różnych problemów z zakresu biochemii i fizjologii	-	MEK01
10	TK02	Posiada umiejętności do wykonania oznaczenia RNAseq i analizy danych	-	MEK02

Nakład pracy studenta

Forma zajęć	Praca przed zajęciami	Udział w zajęciach	Praca po zajęciach
Laboratorium (sem. 10)		Godziny kontaktowe: 30.00 godz./sem.	Dokończenia/wykonanie sprawozdania: 1.00 godz./sem.
Konsultacje (sem. 10)
Zaliczenie (sem. 10)

Sposób wystawiania ocen składowych zajęć i oceny końcowej

Forma zajęć	Sposób wystawiania oceny podsumowującej
Laboratorium
Ocena końcowa

Przykładowe zadania

Wymagane podczas egzaminu/zaliczenia
(-)

Realizowane podczas zajęć ćwiczeniowych/laboratoryjnych/projektowych
(-)

Inne
(-)

Czy podczas egzaminu/zaliczenia student ma możliwość korzystania z materiałów pomocniczych : nie

Treści zajęć powiazane są z prowadzonymi badaniami naukowymi: tak

1	B. Bakera; M. Rakoczy-Trojanowska; M. Szeliga; M. Święcicka; M. Tyrka	Identification of candidate genes responsible for chasmogamy in wheat	2023
2	P. Bednarek; A. Dorczyk; T. Drzazga; D. Jasińska; P. Krajewski; B. Ługowska; R. Martofel; P. Matysik; M. Niewińska; D. Ratajczak; K. Rączka; T. Sikora; D. Tyrka; M. Tyrka; E. Witkowski; U. Woźna-Pawlak	Genome-wide association mapping in elite winter wheat breeding for yield improvement	2023
3	M. Dyda; G. Gołębiowska; M. Rapacz; M. Szechyńska-Hebda; M. Tyrka; I. Wąsek; M. Wędzony	Quantitative trait loci and candidate genes associated with freezing tolerance of winter triticale (× Triticosecale Wittmack)	2022
4	M. Dyda; G. Gołębiowska; M. Rapacz; M. Tyrka; M. Wędzony	Genetic mapping of adult-plant resistance genes to powdery mildew in triticale	2022
5	M. Dyda; G. Gołębiowska; M. Rapacz; M. Tyrka; M. Wędzony	Mapping of QTL and candidate genes associated with powdery mildew resistance in triticale (× Triticosecale Wittm.)	2022
6	P. Krajewski; R. Marcinkowski; R. Martofel; P. Matysik; M. Mokrzycka; M. Rakoczy-Trojanowska; M. Rokicki; S. Stojałowski; M. Tyrka; U. Woźna-Pawlak; B. Żmijewska	Genome-Wide Association Analysis for Hybrid Breeding in Wheat	2022
7	A. Pietrusińska; M. Tyrka	Linkage of Lr55 wheat leaf rust resistance gene with microsatellite and DArT-based markers	2021
8	B. Bakera; P. Krajewski; M. Mokrzycka; M. Rakoczy-Trojanowska; M. Szeliga; M. Święcicka; M. Tyrka	Identification of Rf Genes in Hexaploid Wheat (Triticumaestivum L.) by RNA-Seq and Paralog Analyses	2021
9	B. Bakera; P. Krajewski; P. Matysik; M. Mokrzycka; M. Rakoczy-Trojanowska; M. Rokicki; S. Stojałowski; M. Szeliga; D. Tyrka; M. Tyrka	Evaluation of genetic structure in European wheat cultivars and advanced breeding lines using high-density genotyping-by-sequencing approach	2021
10	J. Buczkowicz; T. Drzazga; B. Ługowska; P. Matysik; K. Rubrycki; M. Semik; D. Tyrka; M. Tyrka; E. Witkowski	Identyfikacja efektywnych genów odporności na wybrane choroby wirusowe i grzybowe pszenicy zwyczajnej	2021
11	J. Buczkowicz; T. Drzazga; G. Fic; M. Jaromin; P. Krajewski; P. Matysik; R. Mazur; P. Milczarski; T. Sikora; M. Szeliga; D. Tyrka; M. Tyrka; E. Witkowski	Selekcja genomowa pszenicy ozimej	2021
12	E. Ciszkowicz; E. Kaznowska; P. Porzycki; M. Semik; M. Tyrka	MiR-93/miR-375: Diagnostic Potential, Aggressiveness Correlation and Common Target Genes in Prostate Cancer	2020
13	G. Czajowski; M. Karbarz; M. Pojmaj; A. Strzembicka; D. Tyrka; M. Tyrka; A. Wardyńska; M. Wędzony	Quantitative trait loci mapping of adult-plant resistance to powdery mildew in triticale	2020
14	J. Ciura; M. Szeliga; M. Tyrka	Representational Difference Analysis of Transcripts Involved in Jervine Biosynthesis	2020
15	J. Ciura; M. Grzesik; M. Szeliga; M. Tyrka	Identification of candidate genes involved in steroidal alkaloids biosynthesis in organ-specific transcriptomes of Veratrum nigrum L.	2019
16	M. Dyda; M. Szechyńska-Hebda; M. Tyrka; I. Wąsek; M. Wędzony	Local and systemic regulation of PSII efficiency in triticale infected by the hemibiotrophic pathogen Microdochium nivale	2019
17	M. Dziurka; K. Hura; T. Hura; A. Ostrowska; M. Tyrka	Participation of Wheat and Rye Genome in Drought Induced Senescence in Winter Triticale (X Triticosecale Wittm.)	2019
18	Z. Banaszak; A. Fiust; Z. Nita; W. Orłowska-Job; M. Pojmaj; M. Rapacz; M. Tyrka; M. Wójcik-Jagła	Sposób selekcji mrozoodpornych genotypów jęczmienia ozimego	2019