Cel kształcenia i wykaz literatury

Główny cel kształcenia: Zapoznanie studentów z podstawowymi informacjami z dziedziny biochemii w zakresie charakterystyki ważnych biologicznie cząsteczek i procesów biologicznych.

Ogólne informacje o zajęciach: Studenci poznają znaczenie i budowę ważnych biologicznie związków chemicznych oraz zapoznają się z aspektami przemian tych związków w organizmach żywych.

Inne: Zasoby internetowe, aktualne publikacje naukowe z zakresu biochemii.

Wykaz literatury, wymaganej do zaliczenia zajęć

Literatura wykorzystywana podczas zajęć wykładowych

1	Berg J.M., Tymoczko J.L., Stryer L.	Biochemia	Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa.	2011
2	Doonan S.	Białka i peptydy	Wydawnictwo Naukowe PWN.	2008
3	Nelson D.L., Cox M.M.	Lehninger Principles of Biochemistry	W. H. Freeman and Company.	2008

Literatura wykorzystywana podczas zajęć ćwiczeniowych/laboratoryjnych/innych

1

Kłyszejko-Stefanowicz L., red.

Ćwiczenia z biochemii.

Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa.

2013

Literatura do samodzielnego studiowania

1	Hames D.B., Hooper N.M.	Biochemia: krótkie wykłady	Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa.	2010
2	Tymoczko J.L., Berg J.M., Stryer L.	Biochemia: krótki kurs	Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa.	2013
3	Turner P.C. et al.	Krótkie wykłady: Biologia Molekularna	Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa.	2002

Wymagania wstępne w kategorii wiedzy/umiejętności/kompetencji społecznych

Wymagania formalne: Rejestracja na dany semestr.

Wymagania wstępne w kategorii Wiedzy:

Wymagania wstępne w kategorii Umiejętności: Umiejętność samodzielnej pracy w zakresie wyszukiwania i interpretacji informacji naukowej. Umiejętność pracy w laboratorium pod opieką prowadzącego.

Wymagania wstępne w kategorii Kompetencji społecznych: Umiejętność grupowej pracy w zakresie wyszukiwania i interpretacji informacji naukowej. Umiejętność pracy w grupie w laboratorium pod opieką prowadzącego.

Efekty kształcenia dla zajęć

MEK	Student, który zaliczył zajęcia	Formy zajęć/metody dydaktyczne prowadzące do osiągnięcia danego efektu kształcenia	Metody weryfikacji każdego z wymienionych efektów kształcenia	Związki z KEK	Związki z PRK
01	Rozumie istotę organizacji i funkcjonowania świata ożywionego.	wykład	kolokwium	K_W02+++	P6S_WG
02	Zna naturę chemiczną głównych klas związków biologicznych: aminokwasów, peptydów i białek, węglowodanów, lipidów, nukleotydów i kwasów nukleinowych	wykład, laboratorium	kolokwium	K_W02+++	P6S_WG
03	Rozumie zasady organizacji struktury przestrzennej związków wielkocząsteczkowych: białek, polisacharydów i kwasów nukleinowych.	wykład, laboratorium	kolokwium	K_W02++	P6S_WG
04	Zna budowę błony biologicznej oraz rodzaje transportu przez błony	wykład	kolokwium	K_W02++	P6S_WG
05	Wie jak przebiega replikacja, transkrypcja i translacja w komórkach organizmów prokariotycznych i eukariotycznych	wykład	kolokwium	K_W02+	P6S_WG
06	Rozumie złożoność i współzależność procesów zachodzących w organizmach zywych	wykład	kolokwium	K_W02++	P6S_WG
07	Zna podstawowe przemiany i szlaki biochemiczne zachodzące w komórkach roślinnych i zwierzęcych	wykład	kolokwium	K_W02+	P6S_WG
08	Potrafi wyizolować badany związek z materiału biologicznego	laboratorium	obserwacja wykonawstwa, raport pisemny	K_W08+	P6S_WG
09	Potrafi zidentyfikować badany związek	laboratorium	obserwacja wykonawstwa, raport pisemny	K_W08++	P6S_WG
10	Zna podstawowe techniki badania biomakromolekuł	laboratorium	obserwacja wykonawstwa, raport pisemny	K_W08++	P6S_WG
11	Potrafi pracować indywidualnie i zespołowo	laboratorium	obserwacja wykonawstwa	K_U21+++	P6S_UO P6S_UW
12	Jest odpowiedzialny za bezpieczeństwo pracy własnej i innych.	laboratorium	obserwacja wykonawstwa	K_K07++	P6S_KO P6S_KR
13	Rozumie znacznie procesu dokształcania się i podnoszenia kwalifikacji zawodowych w zakresie kwalifikacji zawodowych i aktualizacji wiedzy kierunkowej	wykład, laboratorium	kolokwium	K_U21+	P6S_UO P6S_UW

Uwaga: W zależności od sytuacji epidemicznej, jeżeli nie będzie możliwości weryfikacji osiągniętych efektów uczenia się określonych w programie studiów w sposób stacjonarny w szczególności zaliczenia i egzaminy kończące określone zajęcia będą mogły się odbywać przy użyciu środków komunikacji elektronicznej (w sposób zdalny).

Treści kształcenia dla zajęć

Sem.	TK	Treści kształcenia	Realizowane na	MEK
2	TK01	Biochemia - molekularna logika żywych organizmów, wstęp do podstawowych szlaków metabolicznych	W01-02	MEK01 MEK06 MEK07 MEK13
2	TK02	Struktura i właściwości aminokwasów jako prekursorów peptydów i białek. Białka — hierarchiczna organizacja strukturalna. Podstawowe aspekty struktury i funkcji białek: mioglobina i hemoglobina.	W03-08	MEK02 MEK03 MEK13
2	TK03	Wprowadzenie do enzymów. Czynniki wpływające na aktywność enzymów. Kinetyka i inhibicja enzymów. Kontrola aktywności enzymatycznej.	W09-12	MEK13
2	TK04	Węglowodany — struktura monosacharydów, oligosacharydów i polisacharydów. Glikoproteiny.	W13-14	MEK02 MEK03 MEK13
2	TK05	Lipidy. Budowa błon biologicznych. Mechanizmy transportu przez błony komórkowe.	W15-20	MEK02 MEK04 MEK13
2	TK06	Receptory błonowe i przetwarzanie sygnału wewnątrz komórki.	W21-22	MEK13
2	TK07	Przenoszenie informacji genetycznej w komórce. Struktura i replikacja DNA. Synteza i dojrzewanie RNA. Synteza białka.	W23-30	MEK02 MEK03 MEK05 MEK13
2	TK08	Identyfikacja aminokwasów i białek specyficznymi reakcjami barwnymi oraz metodą chromatografii cienkowarstwowej	L01-03	MEK02 MEK03 MEK09 MEK11 MEK12 MEK13
2	TK09	Oznaczanie stężenia białek.	L04-6	MEK03 MEK10 MEK11 MEK12 MEK13
2	TK10	Identyfikacja cukrów prostych i złożonych reakcjami barwnymi. Hydroliza sacharozy.	L7-9	MEK02 MEK03 MEK09 MEK11 MEK12 MEK13
2	TK11	Uzyskiwanie amylozy i amylopektyny ze skrobi ziemniaczanej. Hydroliza skrobi.	L10-12	MEK02 MEK03 MEK08 MEK09 MEK11 MEK12 MEK13
2	TK12	Izolacja cholesterolu z żółtka jaja kurzego. Wykrywanie cholesterolu metodą Salkowskiego	L13-15	MEK02 MEK08 MEK09 MEK11 MEK12 MEK13

Nakład pracy studenta

Forma zajęć	Praca przed zajęciami	Udział w zajęciach	Praca po zajęciach
Wykład (sem. 2)	Przygotowanie do kolokwium: 5.00 godz./sem.	Godziny kontaktowe: 15.00 godz./sem.	Uzupełnienie/studiowanie notatek: 3.00 godz./sem. Studiowanie zalecanej literatury: 4.00 godz./sem.
Laboratorium (sem. 2)	Przygotowanie do laboratorium: 10.00 godz./sem. Przygotowanie do kolokwium: 8.00 godz./sem.	Godziny kontaktowe: 15.00 godz./sem.	Dokończenia/wykonanie sprawozdania: 4.00 godz./sem.
Konsultacje (sem. 2)	Przygotowanie do konsultacji: 2.00 godz./sem.	Udział w konsultacjach: 2.00 godz./sem.
Zaliczenie (sem. 2)	Przygotowanie do zaliczenia: 6.00 godz./sem.	Zaliczenie pisemne: 1.00 godz./sem.

Sposób wystawiania ocen składowych zajęć i oceny końcowej

Forma zajęć	Sposób wystawiania oceny podsumowującej
Wykład	Ocena jest wystawiana na podstawie wyniku kolokwium
Laboratorium	Ocena jest wystawiana na podstawie średniej oceny z pięciu kolokwiów. Punktacja każdego kolokwium: 3 pkt. - dst, 3,5 pkt. - dst+, 4 pkt. - db, 4,5 pkt. - db+, 5 pkt. - bdb
Ocena końcowa	Ocena końcowa z modułu jest średnią ocen z egzaminu i końcowej oceny z laboratoriów: K=0,5wL+0,5wE (L-laboratorium, E-egzamin, w-współczynnik uwzględniający termin zaliczenia, w=1 dla pierwszego terminu. w=0,9 dla drugiego terminu, w=0,8 dla trzeciego terminu. Średnia może być wyciągnięta tylko jeżeli obie oceny są pozytywne.

Przykładowe zadania

Wymagane podczas egzaminu/zaliczenia
(-)

Realizowane podczas zajęć ćwiczeniowych/laboratoryjnych/projektowych
(-)

Inne
(-)

Czy podczas egzaminu/zaliczenia student ma możliwość korzystania z materiałów pomocniczych : nie

Treści zajęć powiazane są z prowadzonymi badaniami naukowymi: tak

1	A. Kołodziej; Z. Krupa; J. Nizioł; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Untargeted metabolomics of bladder tissue using liquid chromatography and quadrupole time-of-flight mass spectrometry for cancer biomarker detection	2024
2	B. Guratowska; A. Kuźniar; J. Nizioł; A. Nowak; M. Okrasa; T. Ruman; M. Ryngajłło; J. Szulc	Uncontrolled Post-Industrial Landfill—Source of Metals, Potential Toxic Compounds, Dust, and Pathogens in Environment—A Case Study	2024
3	V. Copie; A. Kołodziej; Z. Krupa; J. Nizioł; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; A. Płaza-Altamer; T. Ruman; B. Tripet	Metabolomic profiling of human bladder tissue extracts	2024
4	Z. Krupa; M. Misiorek; J. Nizioł; T. Ruman	Infrared Laser-Based Selected Reaction Monitoring Mass Spectrometry Imaging of Banana (Musa spp.) Tissue—New Method for Detection and Spatial Localization of Metabolites in Food	2024
5	A. Arendowski; A. Kołodziej; J. Nizioł; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Monoisotopic silver nanoparticles-based mass spectrometry imaging of human bladder cancer tissue: Biomarker discovery	2023
6	A. Kołodziej; A. Nieczaj; J. Nizioł; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Untargeted urinary metabolomics for bladder cancer biomarker screening with ultrahigh-resolution mass spectrometry	2023
7	A. Kołodziej; Z. Krupa; J. Nizioł; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Infrared pulsed fiber laser-produced gold and silver-109 nanoparticles for laser desorption/ionization mass spectrometry of steroid hormones	2023
8	M. Dudek; B. Gutarowska; M. Komar; J. Nizioł; P. Nowicka-Krawczyk; T. Ruman	Biodeterioration potential of algae on building materials - Model study	2023
9	S. Kuberski; A. Kuźniar; J. Nizioł; A. Nowak; I. Nowak; M. Okrasa; T. Ruman; B. Szponar; J. Szulc	Biological and chemical contamination of illegal, uncontrolled refuse storage areas in Poland	2023
10	V. Copie; A. Kołodziej; A. Nieczaj; J. Nizioł; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; A. Płaza-Altamer; T. Ruman; B. Tripet	Targeted and untargeted urinary metabolic profiling of bladder cancer	2023
11	A. Kołodziej; J. Nizioł; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Untargeted ultra-high-resolution mass spectrometry metabolomic profiling of blood serum in bladder cancer	2022
12	A. Kołodziej; J. Nizioł; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Infrared pulsed fiber laser-produced silver-109 nanoparticles for laser desorption/ionization mass spectrometry of 3-hydroxycarboxylic acids	2022
13	A. Kołodziej; J. Nizioł; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Infrared pulsed fiber laser-produced silver-109-nanoparticles for laser desorption/ionization mass spectrometry of amino acids	2022
14	A. Kołodziej; J. Nizioł; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Infrared pulsed fiber laser-produced silver-109-nanoparticles for laser desorption/ionization mass spectrometry of carboxylic acids	2022
15	A. Kołodziej; J. Nizioł; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Laser Ablation Synthesis in Solution and Nebulization of Silver-109 Nanoparticles for Mass Spectrometry and Mass Spectrometry Imaging	2022
16	A. Kołodziej; J. Nizioł; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Laser generated gold nanoparticles for mass spectrometry of low molecular weight compounds	2022
17	A. Kołodziej; J. Nizioł; A. Płaza-Altamer; T. Ruman	Obrazowanie tkanek za pomocą spektrometrii mas z laserową desorpcją/jonizacją	2022
18	B. Gutarowska; M. Komar; P. Konca; J. Nizioł; P. Nowicka-Krawczyk; T. Ruman	Metabolomic analysis of photosynthetic biofilms on building façades in temperate climate zones	2022
19	B. Gutarowska; T. Ruman; J. Szulc	Metagenomika i metabolomika – nowoczesne metody systemowe w identyfikacji mikroorganizmów oraz metabolitów odpowiedzialnych za niszczenie obiektów zabytkowych	2022
20	S. Kuberski; J. Nizioł; A. Nowak; M. Okrasa; T. Ruman; J. Szulc	Assessment of Physicochemical, Microbiological and Toxicological Hazards at an Illegal Landfill in Central Poland	2022
21	V. Copie; A. Kołodziej; J. Nizioł; K. Nogueira; L. Nogueira; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; A. Płaza-Altamer; T. Ruman; B. Tripet	Metabolomic and elemental profiling of blood serum in bladder cancer	2022
22	A. Arendowski; J. Nizioł; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; T. Ruman	Serum and urine analysis with gold nanoparticle-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry for renal cell carcinoma metabolic biomarkers discovery	2021
23	A. Arendowski; V. Copie; J. Nizioł; K. Nogueira; L. Nogueira; K. Ossoliński; T. Ruman; B. Tripet	Metabolomic and elemental profiling of human tissue in kidney cancer	2021
24	A. Arendowski; V. Copie; J. Nizioł; K. Ossoliński; T. Ruman; B. Tripet	Nuclear magnetic resonance and surface-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry-based metabolome profiling of urine samples from kidney cancer patients	2021
25	A. Kołodziej; T. Ruman; J. Szulc	Silver-109/Silver/Gold Nanoparticle-Enhanced Target Surface-Assisted Laser Desorption/Ionisation Mass Spectrometry—The New Methods for an Assessment of Mycotoxin Concentration on Building Materials	2021
26	B. Gutarowska; K. Majchrzycka; J. Nizioł; A. Nowak; M. Okrasa; T. Ruman; M. Sulyok; B. Szponar; J. Szulc	Microbiological and Toxicological Hazards in Sewage Treatment Plant Bioaerosol and Dust	2021
27	I. Beech; A. Drążkowska; B. Guratowska; J. Karbowska-Berent; T. Ruman; J. Sunner; J. Szulc	Metabolomics and metagenomics analysis of 18th century archaeological silk	2021
28	M. Misiorek; J. Nizioł; T. Ruman	Zastosowanie spektometrii mas do obrazowania rozmieszczenia flawonoidów w owocu truskawki	2021
29	A. Arendowski; J. Nizioł; K. Ossoliński; T. Ruman	Gold nanostructures - assisted laser desorption/ionization mass spectrometry for kidney cancer blood serum biomarker screening	2020
30	A. Arendowski; J. Nizioł; K. Ossoliński; T. Ruman	Screening of Urinary Renal Cancer Metabolic Biomarkers with Gold Nanoparticles-assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry	2020
31	A. Arendowski; V. Copie; J. Nizioł; K. Ossoliński; T. Ruman; B. Tripet	Nuclear magnetic resonance and surface-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry-based serum metabolomics of kidney cancer	2020
32	A. Kołodziej; J. Nizioł; T. Ruman	Gold and silver nanoparticles-based laser desorption/ionization mass spectrometry method for detection and quantification of carboxylic acids	2020
33	B. Guratowska; J. Karbowska-Berent; T. Kozielec; T. Ruman; J. Szulc	Analyses of microorganisms and metabolites diversity on historic photographs using innovative methods	2020
34	B. Gutarowska; A. Jachowicz; S. Kowalska; W. Machnowski; T. Ruman; A. Steglinska; J. Szulc	Beeswax-Modified Textiles: Method of Preparation and Assessment of Antimicrobial Properties	2020
35	B. Gutarowska; I. Jablonskaja; E. Jabłońska; J. Karbowska-Berent; T. Ruman; J. Szulc	Metabolomics and metagenomics characteristic of historic beeswax seals	2020
36	I. Beech; J. Nizioł; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; A. Płaza; T. Ruman; J. Sunner	Localization of Metabolites of Human Kidney Tissue with Infrared Laser-Based Selected Reaction Monitoring Mass Spectrometry Imaging and Silver-109 Nanoparticle-Based Surface Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging	2020
37	T. Ruman; J. Szulc	Laser Ablation Remote-Electrospray Ionisation Mass Spectrometry (LARESI MSI) Imaging—New Method for Detection and Spatial Localization of Metabolites and Mycotoxins Produced by Moulds	2020
38	A. Arendowski; J. Kucharz; J. Nizioł; A. Ossolińska; K. Ossoliński; T. Ossoliński; T. Ruman; P. Wiechno	Mass spectrometry-based metabolomic profiling of prostate cancer-a pilot study	2019
39	J. Cebulski; M. Kus-Liśkiewicz; T. Ruman; M. Stompor; D. Szmuc; K. Szmuc; Ł. Szyller; S. Wołowiec; I. Zawlik	Silver nanoparticles deposited on calcium hydrogenphosphate - silver phosphate matrix; biological activity of the composite	2019
40	M. Misiorek; J. Nizioł; T. Ruman	Mass spectrometry imaging of low molecular weight metabolites in strawberry fruit (Fragaria x ananassa Duch.) cv. Primoris with 109Ag nanoparticle enhanced target	2019