Cel kształcenia i wykaz literatury

Główny cel kształcenia: Osiągnięcie podstawowej wiedzy z zakresu bioinformatyki, na przykładzie bioinformatyki strukturalnej. Dodatkowo osiągnięcie orientacji w przepisach dotyczących regulacji prawnych oprogramowania

Ogólne informacje o zajęciach: Moduł zakłada zapoznanie studenta z podstawami bioinformatyki, bioinformatyką strukturalną oraz podstawami regulacji prawnych dotyczących oprogramowania. Realizacja tego celu odbywa się podczas wykładów.

Wykaz literatury, wymaganej do zaliczenia zajęć

Literatura wykorzystywana podczas zajęć wykładowych

1	Kasprzak, M	Wybrane algorytmy i modele grafowe w bioinformatyce	Wydaw.Politech.Pozn..	2013
2	Higgs, P	Bioinformatyka i ewolucja molekularna	Wydaw.Nauk.PWN.	2012
3	Hall, B	Łatwe drzewa filogenetyczne : poradnik użytkownika	Wydaw.Uniw.Warsz..	2008

Literatura do samodzielnego studiowania

1	Xiong, J	Podstawy bioinformatyki	Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego.	2011
2	Sejm RP	Ustawa z dnia 4 lutego 1994 r. o prawie autorskim i prawach pokrewnych.	Dz.U. 1994 nr 24 poz. 83.	1994
3	Sejm RP	Ustawa z dnia 27 lipca 2001 r. o ochronie baz danych.	Dz.U. 2001 nr 128 poz. 1402.	2001
4	Piętal, M.	Możliwości prawne komercjalizacji oprogramowania polskich jednostek naukowych.	Przegląd Ustawodawstwa Gospodarczego.	2013

Wymagania wstępne w kategorii wiedzy/umiejętności/kompetencji społecznych

Wymagania formalne:

Wymagania wstępne w kategorii Wiedzy: Wymagana jest podstawowa wiedza w dziedzinie informatyki i automatyki

Wymagania wstępne w kategorii Umiejętności: Wymagana jest dobra umiejętność posługiwania się komputerem i technikami programowania

Wymagania wstępne w kategorii Kompetencji społecznych:

Efekty kształcenia dla zajęć

MEK	Student, który zaliczył zajęcia	Formy zajęć/metody dydaktyczne prowadzące do osiągnięcia danego efektu kształcenia	Metody weryfikacji każdego z wymienionych efektów kształcenia	Związki z KEK	Związki z PRK
01	Student ma podstawową wiedzę oraz potrafi opisać podstawowe zagadnienia z obszaru bioinformatyki.	wykład	sprawdzian pisemny	K_U01+	P7S_UW
02	Student ma ponad-podstawową wiedzę oraz potrafi opisać podstawowe zagadnienia z obszaru bioinformatyki strukturalnej.	wykład	sprawdzian pisemny	K_W02+ K_U19+	P7S_UW P7S_WG
03	Student ma podstawową wiedzę oraz potrafi przywoływać poszczególne regulacje dotyczące ochrony prawnej oprogramowania (programy komputerowe, bazy danych).	wykład	sprawdzian pisemny	K_U01+	P7S_UW

Uwaga: W zależności od sytuacji epidemicznej, jeżeli nie będzie możliwości weryfikacji osiągniętych efektów uczenia się określonych w programie studiów w sposób stacjonarny w szczególności zaliczenia i egzaminy kończące określone zajęcia będą mogły się odbywać przy użyciu środków komunikacji elektronicznej (w sposób zdalny).

Treści kształcenia dla zajęć

Sem.	TK	Treści kształcenia	Realizowane na	MEK
3	TK01	Biologiczne bazy danych i modelowanie białek. Przyrównanie sekwencji. Genomika i proteomika.	W01	MEK01
3	TK02	Struktury białek, mapy kontaktów, eksperyment CASP. Struktury chromatyny; eksperymenty Hi-C, ChIA-PET, Pore-C. Struktury RNA, parowania kanoniczne.	W02	MEK01 MEK02
3	TK03	Programy komputerowe, patenty na algorytmy. Bazy danych i aplikacje z nimi powiązane. Komercjalizacja oprogramowania.	W03	MEK03

Nakład pracy studenta

Forma zajęć	Praca przed zajęciami	Udział w zajęciach	Praca po zajęciach
Wykład (sem. 3)		Godziny kontaktowe: 15.00 godz./sem.	Uzupełnienie/studiowanie notatek: 10.00 godz./sem.
Konsultacje (sem. 3)
Zaliczenie (sem. 3)

Sposób wystawiania ocen składowych zajęć i oceny końcowej

Forma zajęć	Sposób wystawiania oceny podsumowującej
Wykład	średnia ocena z testów pisemnych
Ocena końcowa	średnia ocena z wykładu

Przykładowe zadania

Wymagane podczas egzaminu/zaliczenia
(-)

Realizowane podczas zajęć ćwiczeniowych/laboratoryjnych/projektowych
(-)

Inne
(-)

Czy podczas egzaminu/zaliczenia student ma możliwość korzystania z materiałów pomocniczych : nie

Treści zajęć powiazane są z prowadzonymi badaniami naukowymi: tak

1	M. Chiliński; S. Gadakh; J. Gawor; K. Jodkowska; M. Piętal; D. Plewczynski; K. Sengupta; N. Zawrotna	Consensus-Based Identification and Comparative Analysis of Structural Variants and Their Influence on 3D Genome Structure Using Long- and Short-Read Sequencing Technologies in Polish Families	2023
2	A. Czmil; S. Czmil; M. Ćmil; J. Gawor; M. Piętal; D. Plewczynski; M. Sochacka-Piętal; D. Strzałka; T. Wołkowicz; M. Wroński	NanoForms: an integrated server for processing, analysis and assembly of raw sequencing data of microbial genomes, from Oxford Nanopore technology	2022
3	M. Piętal	Brakujące wartości w danych: problematyka, wyzwania, metody	2020