Cel kształcenia i wykaz literatury

Główny cel kształcenia: Uzyskanie wiedzy i umiejętności w zakresie komputerowego wspomagania badań w farmacji

Ogólne informacje o zajęciach: Moduł jest realizowany w drugim semestrze. Obejmuje 15 godzin wykładu i 15 godzin laboratorium. Kończy się zaliczeniem

Materiały dydaktyczne: Materiały dydaktyczne dostepne on-line w portalu http://e-learning.prz.edu.pl/.

Wykaz literatury, wymaganej do zaliczenia zajęć

Literatura wykorzystywana podczas zajęć wykładowych

1	A. D. Baxevanis, B. F. F. Ouellette	Bioinformatyka . Podręcznik do analizy genów i białek	PWN Warszawa.	2004
2	P. G. Higgs, T. K. Attwood	Bioinformatyka i ewolucja molekularna	PWN Warszawa.	2008
3	J.Xiong	Podstawy bioinformatyki	Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego.	2009

Literatura wykorzystywana podczas zajęć ćwiczeniowych/laboratoryjnych/innych

1

Materiały dydaktyczne dostepne on-line w portalu http://e-learning.prz.edu.pl/.

.

Wymagania wstępne w kategorii wiedzy/umiejętności/kompetencji społecznych

Wymagania formalne: Rejestracja na dany semestr

Wymagania wstępne w kategorii Wiedzy: Znajomość podstaw chemii organicznej, biologii molekularnej, obsługi komputera.

Wymagania wstępne w kategorii Umiejętności: Umiejętność obsługi komputera - system Windows.

Wymagania wstępne w kategorii Kompetencji społecznych: Umiejętność pracy indywidualnej i w zespołach 2-3 osobowych

Efekty kształcenia dla zajęć

MEK	Student, który zaliczył zajęcia	Formy zajęć/metody dydaktyczne prowadzące do osiągnięcia danego efektu kształcenia	Metody weryfikacji każdego z wymienionych efektów kształcenia	Związki z KEK	Związki z PRK
01	Potrafi wykorzystywać i modyfikować parametry dedykowanych programów komputerowych do rozwiązywania prostych problemów z zakresu biologii molekularnej i biotechnologii.	wykład, laboratorium	kolokwium, obserwacja wykonawstwa	K_W02++ K_U07++ K_K02+	P7S_KR P7S_UW P7S_WG
02	Zna podstawy przetwarzania informacji biologicznych z wykorzystaniem systemów komputerowych.	wykład, laboratorium	zaliczenie wykładu, kolokwium, obserwacja wykonawstwa	K_W02++ K_U07++	P7S_UW P7S_WG
03	Potrafi wykorzystać specjalistyczne programy komputerowe do przeszukiwania i analizy informacji biologicznej	wykłady, laboratorium	kolokwium, obserwacja wykonawstwa, raport pisemny	K_W02++ K_U07++	P7S_UW P7S_WG
04	Potrafi wykorzystać wybrane metody informatyczne do wspomagania zadań inżynierskich i badań naukowych w zakresie biologii molekularnej i biotechnologii	wykład, laboratorium	kolokwium, raport pisemny	K_W02+++ K_U07++	P7S_UW P7S_WG

Uwaga: W zależności od sytuacji epidemicznej, jeżeli nie będzie możliwości weryfikacji osiągniętych efektów uczenia się określonych w programie studiów w sposób stacjonarny w szczególności zaliczenia i egzaminy kończące określone zajęcia będą mogły się odbywać przy użyciu środków komunikacji elektronicznej (w sposób zdalny).

Treści kształcenia dla zajęć

Sem.	TK	Treści kształcenia	Realizowane na	MEK
2	TK01	Wprowadzenie do chemoinformatyki leków.	W05	MEK01 MEK04
2	TK02	Metody bioinformatyczne w projektowaniu leków	W06	MEK03 MEK04
2	TK03	Komputerowe wspomaganie modelowania procesów farmaceutycznych	W07	MEK03 MEK04
2	TK04	Analiza podobieństwa sekwencji.	L04	MEK02 MEK03
2	TK05	Mapy fizyczne i genetyczne	L05
2	TK06	Komputerowe wspomaganie projektowania nowych leków. Podobieństwo ligandów i podobieństwo białek w procesie komputerowego projektowania nowych leków	W04	MEK04

Nakład pracy studenta

Forma zajęć	Praca przed zajęciami	Udział w zajęciach	Praca po zajęciach
Wykład (sem. 2)		Godziny kontaktowe: 15.00 godz./sem.	Studiowanie zalecanej literatury: 5.00 godz./sem.
Laboratorium (sem. 2)	Przygotowanie do laboratorium: 5.00 godz./sem. Przygotowanie do kolokwium: 10.00 godz./sem.	Godziny kontaktowe: 15.00 godz./sem.	Dokończenia/wykonanie sprawozdania: 5.00 godz./sem.
Konsultacje (sem. 2)
Zaliczenie (sem. 2)

Sposób wystawiania ocen składowych zajęć i oceny końcowej

Forma zajęć	Sposób wystawiania oceny podsumowującej
Wykład	Na ocenę pozytywną student musi zebrać min 50% z puli wszystkich możliwych punktów podstawowych.
Laboratorium	Zaliczenie wystawiane jest studentom którzy uczestniczyli we wszystkich zajęciach, zaliczyli wszystkie prace kontrolne oraz złożyli w terminie pisemne raporty z wykonanych zadań.
Ocena końcowa	Ocena jest proporcjonalna do liczby uzyskanych punktów/ocen cząstkowych, zgodna z oficjalnymi kryteriami a zakresy punktowe są każdorazowo podawana do wiadomości studentów przed zaliczeniem. Do ustalenia oceny końcowej stosuje się wzór: K=a*wA+c*wC+l*wL (a-współczynnik wagowy dla wykładów (A), c-współczynnik wagowy dla ćwiczeń (C), l-współczynnik wagowy dla laboratoriów (L), w-współczynnik uwzględniający termin zaliczenia: w=1,0 dla I terminu, w=0,9 dla II terminu, w=0,8 dla III terminu). Ocena jest wystawiana pod warunkiem zaliczenia wszystkich elementów modułu. Wartość poszczególnych współczynników podawana jest do wiadomości wraz z warunkami zaliczenia modułu.

Przykładowe zadania

Wymagane podczas egzaminu/zaliczenia
(-)

Realizowane podczas zajęć ćwiczeniowych/laboratoryjnych/projektowych
(-)

Inne
(-)

Czy podczas egzaminu/zaliczenia student ma możliwość korzystania z materiałów pomocniczych : nie

Treści zajęć powiazane są z prowadzonymi badaniami naukowymi: tak

1	M. Dżugan; A. Łyskowski; M. Miłek	Assessing the Antimicrobial Properties of Honey Protein Components through In Silico Comparative Peptide Composition and Distribution Analysis	2023
2	V. Csitkovits; K. Gruber; C. Kratky; B. Kräutler; A. Łyskowski	Structure-Based Demystification of Radical Catalysis by a Coenzyme B12 dependent Enzyme – Crystallographic Study of Glutamate Mutase with Cofactor Homologues	2022
3	J. Buczkowicz; T. Drzazga; G. Fic; M. Jaromin; P. Krajewski; P. Matysik; R. Mazur; P. Milczarski; T. Sikora; M. Szeliga; D. Tyrka; M. Tyrka; E. Witkowski	Selekcja genomowa pszenicy ozimej	2021
4	K. Chen; Ł. Jaremko; M. Jaremko; A. Łyskowski	Genetic and Molecular Factors Determining Grain Weight in Rice	2021
5	D. Antos; M. Kołodziej; A. Łyskowski; W. Piątkowski; I. Poplewska; P. Szałański	Determination of protein crystallization kinetics by a through-flow small-angle X-ray scattering method	2019