Cel kształcenia i wykaz literatury

Główny cel kształcenia: Osiągnięcie podstawowej wiedzy z zakresu bioinformatyki, na przykładzie bioinformatyki strukturalnej. Dodatkowo osiągnięcie lepszej orientacji w przepisach dotyczących regulacji prawnych oprogramowania

Ogólne informacje o zajęciach: Moduł zakłada zapoznanie studenta z podstawami bioinformatyki, bioinformatyką strukturalną oraz podstawami regulacji prawnych dotyczących oprogramowania. Realizacja tego celu odbywa się podczas wykładów.

Wykaz literatury, wymaganej do zaliczenia zajęć

Literatura wykorzystywana podczas zajęć wykładowych

1	Kasprzak, M	Wybrane algorytmy i modele grafowe w bioinformatyce	Wydaw.Politech.Pozn..	2013
2	Higgs, P	Bioinformatyka i ewolucja molekularna	Wydaw.Nauk.PWN.	2012
3	Hall, B	Łatwe drzewa filogenetyczne : poradnik użytkownika	Wydaw.Uniw.Warsz..	2008

Literatura do samodzielnego studiowania

1	Xiong, J	Podstawy bioinformatyki	Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego.	2011
2	Sejm RP	Ustawa z dnia 4 lutego 1994 r. o prawie autorskim i prawach pokrewnych	Dz.U. 1994 nr 24 poz. 83..	1994
3	Sejm RP	Ustawa z dnia 27 lipca 2001 r. o ochronie baz danych	Dz.U. 2001 nr 128 poz. 1402..	2001

Wymagania wstępne w kategorii wiedzy/umiejętności/kompetencji społecznych

Wymagania formalne: Wiedza z biologii na poziomie maturalnym

Wymagania wstępne w kategorii Wiedzy: Wymagana jest podstawowa wiedza w dziedzinie informatyki i automatyki

Wymagania wstępne w kategorii Umiejętności: Wymagana jest dobra umiejętność posługiwania się komputerem i technikami programowania

Wymagania wstępne w kategorii Kompetencji społecznych:

Efekty kształcenia dla zajęć

MEK	Student, który zaliczył zajęcia	Formy zajęć/metody dydaktyczne prowadzące do osiągnięcia danego efektu kształcenia	Metody weryfikacji każdego z wymienionych efektów kształcenia	Związki z KEK	Związki z PRK
01	Student ma podstawową wiedzę oraz potrafi opisać podstawowe zagadnienia z obszaru bioinformatyki.	wykład	sprawdzian pisemny	K_W01+ K_W04+ K_U01+ K_U09++ K_K01++	P7S_KK P7S_UW P7S_WG
02	Student ma ponad-podstawową wiedzę oraz potrafi opisać podstawowe zagadnienia z obszaru bioinformatyki strukturalnej.	wykład	sprawdzian pisemny	K_W02+ K_W05+ K_U03++ K_U23+ K_K02+++	P7S_KR P7S_UK P7S_UU P7S_UW P7S_WG
03	Student ma podstawową wiedzę oraz potrafi przywoływać poszczególne regulacje dotyczące ochrony prawnej oprogramowania (programy komputerowe, bazy danych).	wykład	sprawdzian pisemny	K_W03+ K_W05+ K_U06+ K_K04++ K_K06+	P7S_KO P7S_KR P7S_UK P7S_WG
04	Student potrafi wykonywać symulacje numeryczne celem rozwiązywania problemów naukowych z innych dyscyplin (np. ekonomii).	wykład	zaliczenie cz. pisemna	K_W02++ K_W05++ K_U09+ K_K06+++	P7S_KR P7S_UW P7S_WG

Uwaga: W zależności od sytuacji epidemicznej, jeżeli nie będzie możliwości weryfikacji osiągniętych efektów uczenia się określonych w programie studiów w sposób stacjonarny w szczególności zaliczenia i egzaminy kończące określone zajęcia będą mogły się odbywać przy użyciu środków komunikacji elektronicznej (w sposób zdalny).

Treści kształcenia dla zajęć

Sem.	TK	Treści kształcenia	Realizowane na	MEK
3	TK01	Biologiczne bazy danych i modelowanie białek. Przyrównanie sekwencji. Genomika i proteomika.	W1, W2, W3	MEK01
3	TK02	Struktury białek, mapy kontaktów, eksperyment CASP. Struktury chromatyny; eksperymenty Hi-C, ChIA-PET, Pore-C. Struktury RNA, parowania kanoniczne.	W4, W5, W6	MEK02
3	TK03	Programy komputerowe, patenty na algorytmy. Bazy danych i aplikacje z nimi powiązane. Komercjalizacja oprogramowania.	W7, W8, W9	MEK03
3	TK04	Szczepionka mRNA na koronawirua - budowa i zasada działania.	W10	MEK01
3	TK05	Szok termiczny: wpływ na zmianę struktury chromatyny przez pryzmat macierzy 2D.	W11	MEK01
3	TK06	Kartele, Porozumienia Badawczo-Rozwojowe (RJVs), Klastry. Równowaga Nasha, symulacje numeryczne.	W12, W13, W14	MEK04

Nakład pracy studenta

Forma zajęć	Praca przed zajęciami	Udział w zajęciach	Praca po zajęciach
Wykład (sem. 3)		Godziny kontaktowe: 30.00 godz./sem.
Konsultacje (sem. 3)
Zaliczenie (sem. 3)

Sposób wystawiania ocen składowych zajęć i oceny końcowej

Forma zajęć	Sposób wystawiania oceny podsumowującej
Wykład	test pisemny
Ocena końcowa	ocena z wykładu

Przykładowe zadania

Wymagane podczas egzaminu/zaliczenia
(-)

Realizowane podczas zajęć ćwiczeniowych/laboratoryjnych/projektowych
(-)

Inne
(-)

Czy podczas egzaminu/zaliczenia student ma możliwość korzystania z materiałów pomocniczych : nie

Treści zajęć powiazane są z prowadzonymi badaniami naukowymi: tak

1	Z. Świder	Nastawy regulatora kursu dla autopilota statku	2024
2	A. Bożek; Z. Świder; L. Trybus	Consistent Design of PID Controllers for Time-Delay Plants	2023
3	A. Stec; Z. Świder; L. Trybus	Consistent design of PID controllers for an autopilot	2023
4	A. Stec; Z. Świder; L. Trybus	Jednolite projektowanie regulatorów kursu i ścieżki dla autopilota statku	2023
5	M. Chiliński; S. Gadakh; J. Gawor; K. Jodkowska; M. Piętal; D. Plewczynski; K. Sengupta; N. Zawrotna	Consensus-Based Identification and Comparative Analysis of Structural Variants and Their Influence on 3D Genome Structure Using Long- and Short-Read Sequencing Technologies in Polish Families	2023
6	Z. Świder	Prototyp kaskadowego autopilota okrętowego zaimplementowany w środowisku CPDev	2023
7	A. Czmil; S. Czmil; M. Ćmil; J. Gawor; M. Piętal; D. Plewczynski; M. Sochacka-Piętal; D. Strzałka; T. Wołkowicz; M. Wroński	NanoForms: an integrated server for processing, analysis and assembly of raw sequencing data of microbial genomes, from Oxford Nanopore technology	2022
8	Z. Świder	Implementation of the Ship’s Autopilot in the CPDev Environment	2022
9	Z. Świder	Prototyp zaawansowanego autopilota okrętowego zaimplementowany w środowisku CPDev	2021
10	D. Rzońca; J. Sadolewski; A. Stec; Z. Świder; B. Trybus; L. Trybus	Implementacja środowiska inżynierskiego na przykładzie pakietu CPDev	2020
11	D. Rzońca; J. Sadolewski; A. Stec; Z. Świder; B. Trybus; L. Trybus	Ship Autopilot Software – A Case Study	2020
12	M. Piętal	Brakujące wartości w danych: problematyka, wyzwania, metody	2020
13	Z. Świder	Edytory graficzne języków LD i FBD w pakiecie CPDev	2020
14	Z. Świder	Wybrane zastosowania metod informatyki w automatyce i robotyce	2020
15	D. Rzońca; J. Sadolewski; A. Stec; Z. Świder; B. Trybus; L. Trybus	Aneks 5 z dnia 25.04.2019 do Umowy nr NE/01/2012 o współpracy nad rozwojem oprogramowania zawartej w dniu 28.02.2012 ( do umowy licencyjnej na CPDev z Praxis)	2019
16	D. Rzońca; J. Sadolewski; A. Stec; Z. Świder; B. Trybus; L. Trybus	Agreement no. NR-644-5/2019 on cooperation in software development, concluded on December 3, 2019	2019
17	D. Rzońca; J. Sadolewski; A. Stec; Z. Świder; B. Trybus; L. Trybus	Developing a Multiplatform Control Environment	2019